En la actualidad el monasterio no conserva gran parte de los muchos sepulcros que debió atesorar. El abandono del edificio provocó un importante expolio, e incluso se conservan relatos que mencionan como algunas tapas de sepulcro fueron arrojadas al cercano río Pisuerga. La abadía albergaba las sepulturas de sus benefactores, entre los que se encontraban familias como los Villalobos, Osorio, Castañeda, Lara o Figueroa. Dichos linajes pugnaron por instalar sus sepulcros en las diferentes capillas del monasterio.
Entre los sepulcros que podemos admirar, hay uno que llama especialmente la atención por la profusión en su decoración y lo desconocido de su propietario. Se trata de un enterramiento datado en el siglo XIV y tallado en piedra caliza. Todavía percibimos restos de la antigua policromía que cubrió tanto la tapa como la caja del sepulcro. En él destacan dos inscripciones, la primera, situada en la parte superior de la tapa menciona la identidad del difunto “AQUI IAZE DON PEDRO...EI...DE”, al que imaginamos abad u obispo pues aparece tallado un báculo. En la segunda inscripción, situada en un lateral, podemos leer el nombre del escultor IOAN ALFONSO DE MUDA CANTERO ME FIZO. Observamos una gran profusión de escudos entre los que figuran: águilas, flores de lis, cruces y calderos.
